Background : Single nucleotide polymorphisms (SNPs) of mitochondrial DNA (mtDNA) are involved in physiological and pathological conditions. We developed a rapid, accurate, highly sensitive and high-throughput approach with low cost to identify mtDNA SNPs. Methods : Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) was used to detect 18 SNPs of mtDNA by uniplex and multiplex assays. The sensitivity and specificity of the MALDI-TOF MS were evaluated. The accuracy of the approach was validated by the comparison of using the robust sequencing analysis. Results : The detection limit achieved with the assays corresponded to the identification of five-genome equivalence of mtDNA per reaction after first round PCR amplification. The testing system enabled the discrimination of as little as 5% of mtDNA polymorphism in the predominating background of mtDNA not containing the SNP. No false positive and false negative results were obtained using the uniplex and multiplex MALDI-TOF MS assays for the analysis of the 18 SNPs compared with those obtained by sequencing analysis. Conclusions : Possible fields which could benefit from this powerful and sensitive tool include forensic medicine, tracing of matrilineage, transplantation immunology, transfusion medicine, the diagnosis of mtDNA mutation related disorders, and the research regarding aging, apoptosis and carcinogenesis based on physiologic and pathogenic alterations of mtDNA for the analysis of large-scale samples, multiple SNPs or rare mtDNA. Clin Chem Lab Med 2008;46:299–305.
Inhalt
- Genetics and Molecular Diagnostics
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertA rapid and accurate approach to identify single nucleotide polymorphisms of mitochondrial DNA using MALDI-TOF mass spectrometryLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertAn association study of sodium-lithium countertransport activity with glutathione S transferase (GST) T1 and GST M1 null polymorphisms in Greek dyslipidaemic patients and controlsLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertSize distribution of circulating cell-free DNA in sera of breast cancer patients in the course of adjuvant chemotherapyLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertSuitability of the PAXgene™ system to stabilize bone marrow RNA in imatinib-resistant patients with chronic myeloid leukemiaLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertGenetic polymorphisms of alcohol metabolising enzymes: their role in susceptibility to oesophageal cancerLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert5′ ins/del and 3′ VNTR polymorphisms in the apolipoprotein B gene in relation to lipids and coronary artery diseaseLizenziert6. Februar 2008
- General Clinical Chemistry and Laboratory Medicine
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertIsolation and biochemical characterization of plasma monoclonal free light chains in amyloidosis and multiple myeloma: a pilot study of intact and truncated forms of light chains and their charge propertiesLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertSimple method for determining human serum 2,2-diphenyl-1-picryl-hydrazyl (DPPH) radical scavenging activity – possible application in clinical studies on dietary antioxidantsLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertThyroid-related autoantibodies in Tunisian patients with coeliac diseaseLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertA dried serum spot assay for vitamin B12Lizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertAcute-phase response proteins are related to cachexia and accelerated angiogenesis in gastroesophageal cancersLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertVitamin D binding protein, a new nutritional marker in cystic fibrosis patientsLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertEffects of total cholesterol and triglyceride on the percentage difference between the low-density lipoprotein cholesterol concentration measured directly and calculated using the Friedewald formulaLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertGallstone analysis using Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR)Lizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertCoenzyme Q10 and high-sensitivity C-reactive protein in ischemic and idiopathic dilated cardiomyopathyLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertIncreased plasma asymmetric dimethylarginine (ADMA) levels in retinal venous occlusive diseaseLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertEffects of extended-release felodipine on endothelial vasoactive substances in patients with essential hypertensionLizenziert1. März 2008
- Reference Values
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertLithium heparinised blood-collection tubes give falsely low albumin results with an automated bromcresol green method in haemodialysis patientsLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertInfrequency of low red blood cell (RBC) folate levels despite no folate fortification program: a study based on results from routine requests for RBC folateLizenziert6. Februar 2008
- Validation and Outcome Studies
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertA new serum cystatin C-based equation for assessing glomerular filtration rate in liver transplantationLizenziert6. Februar 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertDevelopment of des-γ-carboxy prothrombin (DCP) measuring reagent using the LiBASys clinical analyzerLizenziert6. Februar 2008
- Letters to the Editor
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertHigh oxygen-affinity hemoglobin variant associated with high-level venous oxygen saturationLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertInterference in urinary free cortisol determination by components of the NuvaRing® contraceptive deviceLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertThe neutral protease chymase degrades apolipoprotein E from high-density lipoproteinsLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertUnclear results in the article by Wolff and Gerritzen in Clin Chem Lab Med 2007;45(7):917–922Lizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertPotassium report of hemolyzed serum samplesLizenziert1. März 2008
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Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziertReply to the letter by Carraro: appropriate actions in the detection of haemolytic specimensLizenziert1. März 2008