RNA Structure and Folding: Biophysical Techniques and Prediction Methods

Buch

RNA Structure and Folding

Biophysical Techniques and Prediction Methods

Herausgegeben von: Dagmar Klostermeier und Christian Hammann

Sprache: Englisch

Veröffentlicht/Copyright: 2013

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Über dieses Buch

While structure-function relationships of proteins have been studied for a long time, structural studies of RNA face additional challenges. Nevertheless, with the continuous discovery of novel RNA molecules with key cellular functions and of novel pathways and interaction networks, the need for structural information of RNA is still increasing. This volume provides an introduction into techniques to assess structure and folding of RNA. Each chapter explains the theoretical background of one technique, and illustrates possibilities and limitations in selected application examples.

Emphasis on theoretical background and applications
Covers optical spectroscopy, footprinting, NAIM, gels, AFM, tweezers, FRET, SAXS, Cryo-EM, EPR, NMR and X-ray, as well as in vivo structure and structure prediction
Full color illustrations

Information zu Autoren / Herausgebern

Dagmar Klostermeier, University of Münster, Germany; Christian Hammann, School of Engineering and Science, Jacobs University Bremen, Germany.

Zusatzmaterial

Contents

Fachgebiete

Frontmatter Öffentlich zugänglich PDF downloaden	i
Preface Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	v
List of contributing authors Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	vii
Contents Öffentlich zugänglich PDF downloaden	xiii
1. Optical spectroscopy and calorimetry Dagmar Klostermeier und Christian Hammann Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	1
2. Footprinting methods for mapping RNA-protein and RNA-RNA interactions Mélodie Duval, Cedric Romilly, Anne-Catherine Helfer, Olivier Fuchsbauer, Pascale Romby und Stefano Marzi Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	29
3. Chemical approaches to the structural investigation of RNA in solution Mark Helm Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	51
4. Bioorthogonal modifications and cycloaddition reactions for RNA chemical biology Claudia Höbartner, Lea Büttner und Fatemeh Javadi-Zarnaghi Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	75
5. Analysis of RNA conformation using comparative gel electrophoresis David M. J. Lilley Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	101
6. Virus RNA structure deduced by combining X-ray diffraction and atomic force microscopy Alexander McPherson Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	125
7. Investigating RNA structure and folding with optical tweezers Mathilde Bercy, Pierre Mangeol, Thierry Bizebard, N. Kyle Tanner, Josette Banroques und Ulrich Bockelmann Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	157
8. Fluorescence resonance energy transfer as a tool to investigate RNA structure and folding Airat Gubaev und Dagmar Klostermeier Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	181
9. RNA studies by small angle X-ray scattering in solution Alexey G. Kikhney, Sebastian Doniach und Dmitri I. Svergun Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	215
10 Integrative structure-function analysis of large nucleoprotein complexes Jean-François Ménétret, Heena Khatter, Angelita Simonetti, Igor Orlov, Alexander G. Myasnikov, Srividhya Krishnagiri Venkatasubramanian, Sankar Manicka, Morgan Torchy, Kareem Mohideen, Anne-Sophie Humm, Isabelle Hazemann, Alexandre Urzhumtsev und Bruno P. Klaholz Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	243
11 Structure and conformational dynamics of RNA determined by pulsed EPR Ivan Krstic, Andriy Marko, Claudia M. Grytz, Burkhard Endeward und Thomas F. Prisner Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	261
12. NMR-based characterization of RNA structure and dynamics Christina R. Mozes und Mirko Hennig Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	287
13. Crystallization of RNA for structure determination by X-ray crystallography Adrian R. Ferré-D’Amaré Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	319
14. RNA structure prediction Gerhard Steger und Robert Giegerich Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	335
15. Analyzing, searching, and annotating recurrent RNA three-dimensional motifs Anton I. Petrov, Blake A. Sweeney und Neocles B. Leontis Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	363
Index Erfordert eine Authentifizierung Nicht lizenziert Lizenziert	399

Informationen zur Veröffentlichung

Seiten und Bilder/Illustrationen im Buch

eBook veröffentlicht am:

14. Oktober 2013

eBook ISBN:

9783110284959

Gebunden veröffentlicht am:

17. September 2013

Gebunden ISBN:

9783110284591

Seiten und Bilder/Illustrationen im Buch

Frontmatter:

22

Inhalt:

408

Farbige Abbildungen:

50

https://doi.org/10.1515/9783110284959

eBook ISBN: 9783110284959

Gebunden ISBN: 9783110284591

Schlagwörter für dieses Buch

Biophysics; Prediction methods; Experimental techniques; RNA

Zielgruppe(n) für dieses Buch

Researchers and advanced students in the life sciences

Sicherheits- und Produktressourcen

Herstellerinformationen:
Walter de Gruyter GmbH
Genthiner Straße 13
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